sahibinden anakart Toplama bilgisayarlarla ilgili bazı zorluklar da vardır. Birincisi, parça uyumluluğu konusunda dikkatli olunması gerekmektedir. Farklı marka veya modeldeki parçaların uyumlu olup olmadığı kontrol edilmelidir. Ayrıca, montaj süreci de bazı kullanıcılar için karmaşık olabilir. Parçaların doğru bir şekilde birleştirilmesi ve işletim sisteminin yüklenmesi gerekmektedir. Bu nedenle, bilgisayar donanımı hakkında bilgi sahibi olmayan veya montaj konusunda deneyimi olmayan kullanıcılar için hazır sistemler daha uygun bir seçenek olabilir.